Komando Kawasan Militer ini berasal dari Angkatan Laut RI Divisi IV/Pertahanan Kalimantan yang terbentuk pada tanggal 4 Oktober 1949, bermarkas di Kandangan, Kalimantan Selatan. Oleh Pemerintah RI, ALRI Divisi IV ini ditentukan menjadi Satuan Angkatan Darat dengan nama Divisi Lambung Mangkurat dengan wilayah seluruh Kalimantan. Terhitung 5 Januari 1950, Divisi Lambung Mangkurat ditentukan menjadi Teritorium Kalimantan yang membawahi Sub Teritorium, yang kemudian di likuidasi menjadi tiga brigade operasi, yaitu Sub Ter I menjadi Brigade G, Sub Ter II menjadi Brigade F dan Sub Ter III menjadi Brigade E.
Guna pengendalian pola operasi dan pembinaan, pada tanggal 20 Juli 1959, KASAD masa itu Kolonel AH Nasution meresmikan berdirinya Komando Tentara Teritorium VI Tanjungpura bermarkas di Banjarmasin, yang kemudian menjadi tonggak sejarah hari acinya.
Karena gagasan sangat lapangnya territorial, pada 29 Maret 1968, diwujudkan Komando Antar Kawasan Kalimantan (Koandakal) bermarkas di Banjarmasin, sekaligus menghapus TT-VI Tanjungpura beserta jajarannya.
Awal 1970-an, Koandakal dihapus da diubah menjadi Komando Wilayah Pertahanan (Kowilhan) III/Kalimantan. Seiring penyempurnaan Kowilhan pada tahun 1974, Kowilhan III/Kalimantan masuk dalam Kowilhan III/Sulawesi-Kalimantan.
Pada tanggal 3 Desember 1984, ketika terjadi reorganisasi dari 16 Kodam menjadi 10 Kodam karenanya tiga Kodam yang benar di wilayah Kalimantan direorganisasi menjadi satu Kodam. Untuk itu, pada Mei 1985 secara resmi Kodam VI/Tanjungpura berdiri dan markasnya yang semula di Kota Banjarmasin pindah ke Kota Balikpapan.[3]
Sebelumnya di Kalimantan terdapat 4 Kodam yang masing-masing memiliki wilayah teritorial di tiap provinsi di Kalimantan, walaupun kemudian Kodam-kodam tersebut digabung pada tanggal 3 Desember 1984. Kodam-kodam tersebut ditengahnya adalah:
Sering disingkat Korem 091/ASN, Korem ini bermarkas komando di Kota Samarinda, dan wilayah teritorial mencakup Kalimantan Timur.[5]
Memiliki pasukan ditengahnya adalah:
Sedangkan Kodim yang berada di bawah komando adalah:
Sering disingkat Korem 101/ANT yang berdiri pada tanggal 20 Desember 1961. Korem ini bermarkas komando di Kota Banjarmasin, dan wilayah teritorial mencakup Kalimantan Selatan. Memiliki pasukan:[6]
Sedangkan Kodim yang berada di bawah komando adalah:
Sering disingkat Korem 102/PJG, Korem ini bermarkas komando di Kota Palangkaraya, dan mencakup wilayah Kalimantan Tengah. Pasukan yang dimiliki yaitu Yonif 631/Antang Elang yang bermarkas di Kota Palangka Raya.
Sedangkan Kodim yang berada di bawah komando adalah:
Sering disingkat Korem 121/ABW yang berdiri pada tanggal 17 Juli 1962. Korem ini bermarkas komando di Kota Pontianak dan mencakup wilayah Kalimantan Barat. Pasukan yang dimiliki yaitu Yonif 643/Wanara Sakti yang bermarkas di Kota Pontianak.
Sedangkan Kodim yang berada di bawah komando adalah:
Kodim di wilayah Komando Kawasan Militer VI/Mulawarman hendak dinaikkan status yaitu